Taman Nasional ini Sekitar tahun 1820, ada sarjana kolonial Hindia-Belanda datang ke Pulau Jawa untuk membuat konservasi alam, Taman Nasional ini merupakan cagar alam yang mulai di kembangakan. Para sarjana ini merupakan bagian dari Organization For Scientific Researchin Netherlands Indies yang sebagian anggotanya merupakan ahli satwa, geografi, geologi, botani serta ahli oceanografi. Adanya penemuan tempat ini merupakan kesempatan lahan emas untuk mereka, dengan tujuan sebagai wilayah untuk mengembangkan ilmu sainsnya di sini. Sesudah tiba di pelabuhan, tepatnya yang terletak di semenanjung sebelah barat pulau jawa, para sarjana ini mulai melihat keindahan alam sekitar. Keindahan alam mulai dari berbagai macam jenis tanaman tropis hingga binatang ciri khas pulau ini yang sebelumnya belum mereka jumpai. Selain itu mereka juga melakukan eksplorasi dan ekspedisi alam di Ujung Kulon kemudian mendokumentasikannya sebagai koleksi untuk khazanah keilmuan mereka. Untuk pengembangan ilmu di Asia-Pasifik mereka memutuskan tetap bertahan di tempat ini karena mencakup beberapa pulau lainnya seperti: pulau panaitan, peucang, handeuleum serta gunung krakatau.
Tujuan Taman Nasional yang utama mereka yaitu untuk mengembangkan sains, tetapi pemerintah kolonial menilai bahwa aktivitas mereka ini dapat merusak ekosistem yang ada di kawasan Ujung Kulon ini. Yang mana tercantum di dalam sejarah kolonial, bahwa mereka juga melakukan kegiatan lain di taman nasional ini seperti berburu beberapa jenis satwa yang terlindungi. Mulai dari tehun ke tahun hal ini mereka lakukan agar koleksi di museum sains mereka semakin banyak. Pada tahun 1910 pemerintah kolonial Hindia-Belanda ini mengeluarkan satu siasat yakni agar satwa di kawasan ujung kulon ini tidak punah dan terlindungi. Tetapi apa daya perusakan ekosistem di kawasan Ujung kulon ini tetap terjadi sampai tahun 1939 sebelum terjadinya perang eropa II. Kemudian pada tahun 1945, dimana pada masa ini Indonesia sudah dibentuk sebagai negara republik (Negara Republik Indonesia) sehingga tempat ini mulai mendapat perhatian dari pemerintah. Pemerintah republik indonesia menetapkan tempat ini sebagai kawasan cagar alam dengan upaya untuk melindungi agar tidak ada satwa yang punah.
Dengan kategori hutan bercurah hujan yang tinggi ini, departemen mengusulkan agar UNESCO menjadikannya sebagai World heritage site di Pulau Jawa. Kemudian di tahun 1992, UNESCO meresmikan Taman Nasional ini untuk situs cagar alam yang berada di bawah pengelolaan Direktorat Jendral Perlindungan Hutan serta Konservasi Alam. Jika mengingat hal itu, Taman Nasional ujung kulon merupakan Taman Nasional dengan usia paling tua di bandingkan dengan yang lainnya di Indonesia. Taman Nasional ini merupakan nenek moyang dari beberapa Taman Nasional seperti bunaken di Sulawesi utara dan gunung leuseur di Sumatra utara. Selain itu, Taman Nasional ujung kulon ini menyediakan beberapa jasa informasi salah satunya pemandu wisata serta fasilitas lainnya agar wisatawan dapat menjelajahi tempat di sekelilingnya.
Daerah Taman Nasional ini mempunyai zona yang luasnya mencapai kisaran sekitar 120.551 ha, yang terbagi menjadi dua yaitu sebagai lautan dan daerah berbatu karang. Zona yang memiliki fungsi untuk suaka margasatwa ini mempunyai beberapa macam jenis biota laut, darat maupun satwa langka di dalamnya. Keindahan biota laut salah satunya seperti
terumbu karang, merupakan salah satu sumber makanan serta tempat perlindungan bsgi hewan laut lainnya.
